Un nouveau bilan vient rappeler l’ampleur du recul de la biodiversité en France : le quatrième rapport européen de la directive « Habitats, Faune, Flore », publié début septembre 2026 par le Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN) en lien avec l’Office français de la biodiversité (OFB), dresse le bilan de 129 habitats naturels et 307 espèces animales et végétales suivis sur la période 2019-2024. Le constat est sans appel : seule une évaluation sur cinq conclut à un état favorable.
Un patrimoine naturel sous pression
La France abrite 23 086 espèces endémiques sur les 216 410 espèces recensées sur son territoire, un patrimoine qui reste pourtant fragile. Le rapport dénombre 2 903 espèces menacées, soit 16,7 % des espèces évaluées, et 189 espèces déjà disparues du territoire national. Ces chiffres confirment une tendance documentée depuis plusieurs années, que d’autres travaux viennent régulièrement étayer, comme le montre le bilan sur l’artificialisation des sols en France, l’une des pressions majeures identifiées sur les milieux naturels.
Des groupes plus vulnérables que d’autres
- Oiseaux nicheurs : 32 % des espèces menacées
- Crustacés d’eau douce : 28 % menacés
- Reptiles : 24 % menacés
- Amphibiens : 23 % menacés
Le déclin est aussi mesurable dans la durée : les oiseaux communs spécialistes ont perdu 37 points entre 1989 et 2024, tandis que les populations de chauves-souris communes ont chuté de 43 % entre 2006 et 2021. Ces courbes traduisent une érosion progressive, moins visible au quotidien qu’un événement brutal, mais tout aussi préoccupante selon les scientifiques du MNHN.
Pourquoi la dégradation se poursuit
Le rapport souligne que les connaissances scientifiques n’ont jamais été aussi précises, sans que cela suffise à inverser la tendance. Parmi les causes citées : la fragmentation des habitats, la pollution lumineuse – devenue la deuxième cause d’extinction des insectes après les pesticides – et le recul des milieux naturels au profit de l’urbanisation. La santé des forêts françaises illustre cette fragilité croissante malgré une surface boisée en expansion, comme le rappelait récemment cet état des lieux sur la santé des forêts françaises.
Des signaux positifs malgré tout
Le rapport n’est pas uniquement alarmiste : plusieurs dispositifs de protection affichent des résultats encourageants. La création de neuf nouvelles réserves biologiques renforçant la protection des forêts françaises en est un exemple concret, tout comme les programmes de suivi qui permettent désormais d’objectiver précisément l’état de chaque habitat et de chaque espèce, condition indispensable pour orienter les politiques publiques de restauration.
Ce qu’il faut retenir
Ce bilan, mené sous pilotage du MNHN et de l’OFB au titre de l’article 17 de la directive européenne, doit servir de référence pour les six prochaines années de politique de conservation. Les données complètes sont en accès libre sur le site de l’Inventaire national du patrimoine naturel (INPN), un niveau de transparence qui permet à chercheurs, associations et citoyens de suivre l’évolution de la biodiversité en France sur le temps long.
Questions fréquentes
Qu’est-ce que la directive européenne « Habitats, Faune, Flore » ?
C’est un texte européen qui impose aux États membres de suivre et de rapporter tous les six ans l’état de conservation des habitats naturels et des espèces protégées présents sur leur territoire, au titre de son article 17.
Quelle part des espèces est en bon état de conservation en France ?
Selon le rapport 2026, seule une évaluation sur cinq environ conclut à un état de conservation favorable, la majorité des habitats et espèces suivis restant en état dégradé ou inconnu.
Quelles espèces sont les plus touchées ?
Les oiseaux nicheurs, les crustacés d’eau douce, les reptiles et les amphibiens figurent parmi les groupes les plus menacés, avec des taux de menace allant de 23 % à 32 % selon les groupes.
Sources
Cet article a été rédigé avec l’aide d’une intelligence artificielle. Politique éditoriale